【基本的な考え方】
税務上、ポイントは課税されるべき経済的利益にあたるとされています。
また、ポイントプログラムの法律関係は贈与契約と解されており、現状ではポイントが実際に使用された時に贈与契約の効力が生じ、その時点で課税されるべき所得となると税務署側は考えているようです。

【ポイントによる仕入について】
上記を踏まえますと、ポイントによる仕入については、次のように整理されると思います。

・現金で購入したポイントによる仕入
　→　当然仕入として計上

・ポイントプログラムから取得したポイントによる仕入
　① 事業で取得したポイントによる仕入
　→　仕入の金額と経済的利益（収益）の金額が同額となるのでなり、仕入は計上されない
　② プライベートで取得したポイントによる仕入
　→　経営者（事業主）が仕入代金を立て替えたことになるので、仕入が計上される（相手勘定は役員未払金や事業主借など）

【参考】
https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/kenkyu/ronsou/78/04/index.htm