現金の場合は、請求書だけだと先方が受領したかどうかが分からなくなってしまうので、必ず領収書をもらうようにしてください。
源泉も他の方と同じように差し引いた形で支払うようにしてください。
なお、領収書の名目は「業務委託費として」みたいな形でよろしいかと思います。 領収書のサンプルとして、下記のようなものを参考としてはいかがでしょうか？

https://template.the-board.jp/receipt_templates/article/receipt_template_011

http://www.kakenhi.net/article/422175961.html