年末調整では寄付金控除を行うことが制度上出来ません。
寄付金控除を行う場合には、確定申告を行うか、
若しくは寄付している自治体が5件以下でしたら「ワンストップ特例制度」で対応することができます。

確定申告は大変かと思いますので、5件以内でしたらワンストップ特例制度を申請した方がよろしいかと思います。
申請方法は下記のページに纏められておりますので、ご確認いただければ幸いです。

https://www.satofull.jp/static/onestop.php