freeeでよくある間違いなのですが、原因は下記の通りです。

同期されている銀行口座間の振替の明細を各々の口座から登録すると重複計上となってしまいます。
口座振替の場合、一方の口座の明細を登録すると複式簿記の関係でもう一方のの口座残高が動くため、片方を無視する登録が必要となります。

運用としては入金の明細が入ってきた口座は口座振替で登録し、もう一方の支払の明細が入ってきた口座については無視で登録するのが良いと思います。