法人口座開設については、特定の金融機関がおすすめというものはありませんが、大きく分けてネット銀行とネット銀行以外の口座に区分されます。
できればそれぞれ1つずつ開設できるとよろしいかと思いますが、それぞれの特徴をまとめましたので、こちらをご参考に開設をしていただくとよろしいかと思います。

◆ ネット銀行の口座：必須ではないが、開設を推奨
　メリット：会計freeeと連携ができる、利用料が安い、使い勝手が良い
　デメリット：国や地方公共団体のサービスなどに利用できないことが多い
　推奨する銀行：楽天銀行以外（楽天銀行はfreeeと連携できないため）、例）PayPay銀行、住信SBIネット銀行、GMOあおぞらネット銀行等

◆ ネット銀行以外の金融機関の口座：最初に開設することを推奨
　メリット：リアルの店舗があるので安心、国や地方公共団体のサービスを利用できることが多い、口座を1年以上保有していることで倒産防止共済の加入条件を満たすことができる
　デメリット：ネットバンキング等を利用するための利用料がかかる、振込手数料が高い
　推奨する金融機関：一般的には「信用金庫・信用組合＜地方銀行＜都市銀行」の順番で口座の開設がしやすい（審査が厳しくない）ので、まずは会社から近くて開設しやすそうな金融機関や個人事業で実績のある金融機関を選んで手続をするとよいかもしれません
（信用金庫・信用組合、ゆうちょ銀行、みずほ銀行は他行より審査が厳しくないといううわさを聞きます）