ふるさと納税の税額控除は年末調整では実施できません。
ただし、以下の条件を満たしていますと、
ご自身でふるさと納税「ワンストップ特例制度」にて申請できます。

１．寄付を行った年の所得について確定申告をする必要がない
２．年間のふるさと納税納付先自治体が5つ以内

上記の条件を満たしていないと確定申告にての対応になります。

【詳細】
https://www.satofull.jp/static/deduction.php